Ban Quản trị Đại học Yale với 19 thành viên gồm có: Viện trưởng, Thống đốc và Phó Thống đốc Tiểu bang Connecticut, cùng 10 ủy viên, và 6 cựu sinh viên của trường.

Richard C. Levin, Viện trưởng Đại học Yale từ năm 1993 đến 2013, là người đứng đầu một trường đại học được trả lương cao nhất tại Hoa Kỳ, năm 2008, thu nhập của ông là 1, 5 triệu đô-la.[39]

Tháng 12 năm 2012, sau khi Levin về nghỉ hưu, Peter Salovey, Phó Viện trưởng của Yale từ năm 2008, được chọn thay thế Levin trong cương vị Viện trưởng. Salovey nhậm chức ngày 1 tháng 7 năm 2013.[40]

Từ vị trí phó viện trưởng Đại học Yale, vài bậc nữ lưu đã được đề bạt vào chức vụ viện trưởng của những đại học danh giá. Năm 1977, Hanna Holborn Gray được bổ nhiệm quyền Viện trưởng Yale từ vị trí phó viện trưởng, sau đó bà trở thành Viện trưởng Đại học Chicago, là người phụ nữ đầu tiên đảm trách chức vụ lãnh đạo một viện đại học quan trọng. Năm 1994, Phó Viện trưởng Yale Judith Rodin trở thành nữ viện trưởng đầu tiên của một học viện thuộc Ivy League, Đại học Pennsylvania. Năm 2002, Phó Viện trưởng Yale Alison Richard được chọn vào vị trí Phó Viện trưởng Đại học Cambridge. Tương tự, Phó Viện trưởng Susan Hockfield trở thành Viện trưởng Học viện Công nghệ Massachusetts trong năm 2004, và Phụ tá Phó Viện trưởng Kim Bottomly được bổ nhiệm vào chức vụ Viện trưởng Đại học Wellesley vào năm 2007.

Bên nam giới thì vào năm 2008, Phó Viện trưởng Andrew Hamilton đảm nhận vị trí Phó Viện trưởng Đại học Oxford.[41] Trước đó, năm 2004, Phó Khoa trưởng Yale College Richard H. Brodhead được chọn làm Viện trưởng Đại học Duke.